明治維新後の京都が舞台。
人と妖怪が共存し、何気ない日々を送っている街に役所からの許可を得ていない無許可妖怪が街の治安を乱していた。
それらを捕らえ京都の治安を守るために機動新撰組が設立される。
しかし、多大な借金のために経営危機にたたされる。
そんな新撰組のテコ入れのために坂本竜馬の息子である坂本竜之介が上海から帰国するが、個性豊かな新撰組メンバー達によりあれこれ振り回されていく。